De acuerdo con sus Estatutos, la Sociedad Anónima Estatal de Caución Agraria, SME, SAECA será administrada por su Consejo de Administración, que está integrado por su presidente, el secretario del Consejo y por un máximo de 8 vocales.

El Presidente de SAECA, que también lo es de su Consejo de Administración, ostenta la representación y alta dirección de la sociedad en todos los actos y ante todas las autoridades. 

El Comité de Operaciones es el órgano en quien el Consejo de Administración tiene delegada la toma de decisiones en lo que a solicitudes de aval se refiere hasta determinadas cuantías. Su composición y atribuciones se recogen en el Manual de Riesgos y Garantías de la sociedad, aprobado por el Consejo de Administración.

El Comité de Dirección se configura como un órgano de deliberación y apoyo al presidente en la medida que él defina, para optimizar la gestión y el rendimiento de la empresa, sin que bajo él exista una organización formal. Se reunirá tantas veces como el presidente considere necesarias para el correcto desempeño de sus funciones.